Итак, Четвёртая Война началась. Над миром шиноби нависла угроза в лице Учихи Мадары, который, заключив союз с Кабуто, собирает свою армию, дабы осуществить свой план по захвату джинчурики, и порабощению мира путём погружения всего живого в вечную иллюзию. Якуши тоже не сидит, сложа руки, и с помощью техники Орочимару, называемой Эдо Тенсей, воскрешает почти всех членов организации Акацуки, нескольких бывших Каге, и других шиноби, некогда представлявших опасность для противников. В обмен на свою помощь Кабуто требует, чтобы Мадара выдал ему Учиху Саске, который сейчас приходит в себя в убежище. Лидер Акацуки не доверяет своему новому союзнику, и теперь ещё больше присматривает за своим потомком, но от поддержки отказаться не может, и поэтому соглашается на сделку, при условии, что Кабуто получит Саске после окончания боевых действий.
В то же время формируется Альянс Шиноби - объединение военных сил скрытых деревень: Кумогакуре, Киригакуре, Ивагакуре, Сунагакуре, Конохагакуре, и страны Железа. Главнокомандующим армии Альянса становится Казекаге - Сабаку но Гаара. Цель Альянса - защита двух оставшихся джинчурики: Кираби и Узумаки Наруто, которые в данный момент находятся на защищённом острове в Кумогакуре, где Би помогает Наруто обуздать силу биджуу.
В последнее время от сенсоров всё чаще поступают отчёты о том, что они чувствуют движение в сторону плацдармов Объединённой Армии. Альянс не на шутку обеспокоен таким поворотом событий, потому что по всем расчётам первое столкновение должно было произойти гораздо позже. Было решено в срочном порядке мобилизировать армию, дабы встретить противника во всеоружии, и не дать тому застать себя врасплох.
Одна война. Две стороны. Какую примешь Ты? Встанешь в один ряд с шиноби Альянса, и помешаешь Мадаре осуществить свой замысел? Или примкнёшь к Акацуки, и подтолкнёшь мир шиноби в сторону тени, погрузив его во мрак иллюзии? Решаешь Ты, и никто больше, потому что твоя судьба в твоих руках.